Instituttets forskningsprojekter er organiserede i syv forskningssektioner.
Self-Organizing Materials for Nanotechnology (nanoSOM)
Polymer Micro and Nano Engineering (POLYMIC)
MicroElectroMechanical Systems (MEMS)
Theory Section
Lab-on-a-Chip Systems (LabChip)
BioMedical MicroSystems (BIOMICS)
NanoSystems Engineering (NSE)
Projektgrupperne på Institut for Mikro- og Nanoteknologi beskæftiger sig typisk med teknologi, der udvikles på tværs af de syv sektioner.